A becslések szerint Tanzániában a Ngorongoro Természetvédelmi Terület körülbelül 25 000 nagy emlősnek ad otthont, köztük elefántok, orrszarvúk, oroszlánok, leopárdok, bivalyok,  vízilovak, zebrák, antilopok, szerválok és varacskos disznók.  A kráter és környezete a Világörökség része. A közhiedelemmel ellentétben a vadon élő állatok elhagyhatják határait, de ritkán teszik meg, mert a kráteren belül mindent megtalálnak. Ez az egyedülálló ökoszisztéma, amely egy kettő-három millió évvel ezelőtti vulkánkitörés után alakult ki, biztonságos menedéket és elegendő táplálékot biztosít az állatok számára. Január közepén a szezonális esőzések zöldre változtatják a környezetet, a száraz sárgás fű új életre kel.  A ragadozók, például az oroszlánok és a leopárdok a reggeli és az esti órákban a legaktívabbak, napközben a magas fűben pihennek. Gyakran láthatóak szafari utak alkalmával, mivel nem félnek a járművektől. Az európaiak érkezése előtt a maszájok rendszeresen behozták csordáikat a kráter területére, amelynek neve éppen a tehén nyakára kötött kolompról kapta a nevét. A csengő jellegezetes ngoro-ngoro hangott adott, amelyet gyakran lehetett hallani errefelé.

A Munge-patak képezi a fő vízforrást, amely a kráter közepén lévő szezonális sóstóba ömlik. Ezt a tavat két néven ismerik: a maszájok Makat-nak hívják, ami a nyelvükön sót jelent, hivatalos neve pedig Magadi.  A Lerai-patak rendszeresen öntözi a krátertől délre fekvő párás erdőket. A másik jelentős vízforrás a kráterben a Ngoitokitok-forrás, közel a keleti kráterfalhoz. A nagy kiterjedésű mocsárt vízilovak, elefántok, oroszlánok és még sok más állat népesíti be. 

A Nemzetközi Természetvédelmi Unió szerint a fekete orrszarvú jelenleg kritikusan veszélyeztetett, vagyis a kihalás szélén áll. Az 1960-as években körülbelül száz fekete orrszarvú élt Ngorongoro-ban. Az 1990-es évekre az orvvadászok majdnem kiirtották a populációt,  mindössze tizenegy egyed maradt életben. Szerencsére az ország vezetése időben felismerte a probléma súlyosságát, ezért intézkedéseket tett  az orrszarvúállomány helyreállítására. Céljuk az volt, hogy évente 5%-kal növeljék a fekete orrszarvú populációt. A vadőrök rendszeresen járőröztek a kráter területén, így az orvvadászatok száma fokozatosan csökkent. Fontos megemlíteni, hogy a kráteren belül található az eddig ismert legnagyobb oroszlán populáció. A hosszú távú adatok azt sugallják, hogy a nagy ragadozók állományát négy halálos betegség kitörése sújtotta eddig.  Az 1961-es szárazság utáni esőzések vérszívó legyek stabil állományát keltették életre. A legyek vérszívás után fájdalmas bőrsebeket hagytak, ami később fertőzést okozott. Az oroszlánok populációját bizonyos mértékig befolyásolja az is, hogy az új domináns hímek  megölik a velük nem rokon kis oroszlánokat.  Ennek ellenére az állomány napjainkban is stabil mértékben fejlődik.

A  kráteren kívül a Ngorongoro Természetvédelmi Területhez számos más érdekes helyszín tartozik még a közelben.  Az Olduvai-hasadék híres az ősemberek maradványairól, amelyeket megtekinthetünk egy itt létesített múzeumban is. Egy másik vulkáni kráter, az Empakai a Ngorongoro-tól északra található. Ez azon kevés helyek egyike a rezervátumban, ahol megengedett a túrázás.  A szabályok értelmében minden látogatót fegyveres őr kell kísérjen. A kráter közepén található a névadó Empakai-tó, ahol novembertől májusig flamingókat lehet látni. Olmoti egy másik népszerű célpont a Ngorongoro-felföldön. A fekete homokdűne néven ismert természeti látványosság  a világ egyik leglátványosabb vándordűnéje, amely fokozatosan, évente körülbelül 15-30 méteres sebességgel változtat helyet.  Ez a félhold alakú fekete dűne az aktív Oldoinyo Lengai vulkáni hamujából áll. Szintén híresek az Endoro-vízesések, amelyek mellett elefántok által létrehozott barlangokat láthatunk. Az ormányosok agyaraikkal vájták ki a kemény földet, hogy hozzájussanak nélkülözhetetlen nyomelemekhez.