A Jupiter Naprendszerünk legnagyobb tömegű bolygója, szabad szemmel is könnyen észlelhető. Nevét a római mitológiában szereplő főistenről kapta, aki a görög Zeusz megfelelője. A közelmúltban több űrszonda is keringett a bolygó mellett, melyek közül az első az amerikai Pionír-10 volt, majd ezt követte a Voyager-1 és 2. A feltételezések szerint a Naprendszer bolygói ugyanabból a hidrogén-hélium felhőből alakultak ki, amelyből a Nap is keletkezett. Azonban a Galileo űrszonda, amely az 1990-es és 2000-es években vizsgálta a Jupitert, a Naphoz viszonyítva eltérő mennyiségű nehéz elemet talált itt. Ez a különbség talán azzal magyarázható, hogy a nehézelemek üstökösökből, aszteroidákból és más kisebb égitestekből kerülhettek a Jupiter belsejébe. Alternatív megoldásként a legújabb bolygót kutató űrszonda, a Juno adatain alapuló újabb tanulmány azt sugallja, hogy a Jupiter négyszer távolabb alakulhatott ki mostani elhelyezkedéséhez képest.

A víz kulcsfontosságú a Jupiter kialakulásának megértéséhez. A Shoemaker-Levy 9 nevű híres üstökös darabokra tört, mielőtt 1994-ben elérhette volna a bolygót. Körülbelül húsz évvel később a Jupiter sztratoszférájában az üstökösből származó vízbőséget észleltek, mert a legtöbb a vízgőz a becsapódási helyek körül volt. Évekig az volt az elfogadott hiedelem, hogy a Jupiter csupán egy óriási gázgömb. Bár ez részben igaz, a kiterjesztett kutatások összetettebb és érdekesebb szerkezetet tárnak elénk. A Jupiter külső héja vastag, ammóniával és vízzel átitatott felhőkből áll, amelyek hidrogén- és héliumgáz atmoszférában lebegnek. A vízgőz, amelyet először a Galileo űrszonda észlelt 1995-ben, a Jupiter légkörének csak körülbelül 0,25%-át teszi ki. Ez azonban több százszor nagyobb vízmennyiséget jelent, mint a Földön. A bolygó 90 százalékban hidrogénből áll, amely a külső rétegekben gázként létezik (akárcsak a Földön). Mélyebben azonban a hidrogén olyan nagy nyomás alatt van, hogy az elektronok kinyomódnak, és olyan folyadék jön létre, amely fémként vezeti az elektromosságot. Ez a folyamat hatalmas mágneses mezőt hoz létre a bolygón belül, amit a Jupiter gyors forgása is felerősít. A sarki fények fényesebben ragyognak a Jupiteren, mint bárhol máshol a Naprendszerben. Legnagyobb rejtély továbbra is a bolygó magja, amelynek létezése egyelőre csak feltételezés. Ez a mag sokkal nagyobb lehet annál, mint azt bárki gondolná.

A Jupiterről készült képek kavargó viharokat mutatnak, de a legtöbb ilyen kép csak az óriásbolygót borító felhők tetejét rögzíti. Nem világos, hogy mi történik mélyebben, a Jupiter belsejében. Talán a felszínen látható jelenségek az alsóbb régiókban máshogyan nyilvánulnak meg vagy nincsenek jelen. A Nagy Vörös Folt zsugorodása egyelőre nyitott kérdés, de összefüggésben lehet a bolygó felszín alatti állapotával. Kezdetben három Föld is elfért benne, napjainkra már csak akkora, mint bolygónk átmérője. A viharos felhők alatt egy még bizarrabb világ rejlik. A hőmérséklet emelkedik a nagy légköri nyomás miatt, ami gradienst hoz létre gázból folyadékba. Ez a folyamat egy folyékony hidrogén óceánt képez, amely a legnagyobb ismert óceán a Naprendszerben. A kezdeti feltételezésekkel ellentétben a Jupiter nem csak gázból álló bolygó: folyékony hidrogénből álló óceán rejtőzhet benne.  Körülbelül húszezer kilométeres mélységben a hidrogén az extrém nyomás és hőmérséklet hatására fémes hidrogénné préselődik, így fémszerű vezetőképességű folyadék jön létre. A Jupiteren zajló események kiderítése nemcsak a saját Naprendszerünk óriásbolygóinak mágnesességének megértésében segíthet, hanem a Naprendszeren kívüli bolygókra vonatkozó előrejelzésekben is.

A Nagy Kék Folt egy másik anomália a Jupiter mágneses terén. A neve ellenére vizuálisan nem kék, hanem egy olyan régiót jelöl, ahol a mágneses tér eltérően viselkedik. Ellentétben a Föld mágneses mezőjével, a Jupiteren ez az északi féltekén található terebélyes területről emelkedik ki, majd az Egyenlítő körüli Nagy Kék Folton keresztül ismét belép. Ez a szokatlan viselkedés bonyolult folyamatokat jelez a Jupiter mágneses magjában. A Nagy Vörös Folt alatt van egy másik vihar, az Oval BA. Sokkal fiatalabb és kisebb, mint a nagy folt. A tudósok szerint ez a vihar 1998-ban alakult ki, három másik vihar (fehér folt) egyesülése során, amelyek körülbelül hatvan évig tomboltak.