A fekete folyó
Az Amazonas bal partjának legnagyobb és legfontosabb mellékfolyója a Rio Negro, vagyis Fekete-folyó. Csak az 1980-as évek elején derítették ki, mi okozza valójában a folyó sötét színét. A víz magas savassága a folyóban oldott nagy mennyiségű szerves anyag eredménye. Ez a savasság ugyanakkor távol tartja a rovarokat a folyóparti régióktól. A folyó Kolumbiában ered, de itt Guainía néven illetik. A víz sötét színe az erdő leveleinek köszönhető. Ahogy a fák elhullatják leveleiket, azok idővel bomlásnak indulnak, majd a levelekben található különböző anyagok, például a huminsavak felszabadulnak. Ezek keverednek a talajban lévő ásványi anyagokkal, így puha, mállós talaj keletkezik, amely elősegíti a növények növekedését. A lebomlott szerves anyagokat gyakran használják műtrágyaként a mezőgazdaságban. A közhiedelemmel ellentétben a fekete víz megfelelő környezeti feltételek mellett biztonságos lehet a fürdéshez. Számos betegségeket okozó kórokozó mikroorganizmus alkalmazkodik az emberi vér savasságához.
Az Amazonas-esőerdő folyói minden évben megáradnak és leapadnak, amiért az Andok-hegységben történő hóolvadások a felelősek. Az esős évszakban a Rio Negro vízszintje nagyon magasan állhat, feljegyeztek már harminc méteres különbséget is. Az árvíz idején rengeteg sziget alakul ki, melyek körül a víz elöntötte a környező tájat. Június és szeptember között van a száraz évszak, amikor bárki bejárhatja a korábban elárasztott erdőket vagy éppen hajón evezhetnek a fák koronái között, ha a megfelelő időben érkeznek. A Fekete- és a Solimões- folyó vizeinek találkozása Manaus mellett a régió leglátványosabb természeti jelensége. A két különböző színű folyó találkozása egyedi kontrasztot teremt a szemlélődők számára. Nem messze innen található a Lajes nevű régészeti lelőhely, amelyet a folyók szintjének csökkenése során fedeztek fel. Az aszály idején olyan sziklák kerülnek a napvilágra, amelyek az európaiak érkezése előtti korok embereinek sziklarajzait tárják elénk. Az őslakos népek teremtésmítoszai szerint a két folyó találkozásának helye úgy jött létre, hogy az ősi anakonda, aki a világot is megteremtette, nyomot hagyott maga után.
Kevés fény jut le az erdő talajszintjéig a sűrű növényzet miatt. Különféle fotoszintézist végző organizmusok élnek más növényeken, amelyeket epifitáknak neveznek, és nem mindegyik növény közülük. Néhánynak általában csak egy sejtje van, de klorofillal is rendelkeznek, ezért képesek a fotoszintézisre. Az algák ha egy tóban sok tápanyaghoz juthatnak, zölddé tehetik annak színét. Az itt élő legnagyobb epifiták azonban az orchideák, a broméliák és a Monstera fajok. Szárazföldi fajtáik a fák lombkoronáin nőnek, ahol bőséges a fény. A Rio Negro körüli esőerdő számtalan ritka állatfajnak is otthont nyújt, köztük a Marinkelle-féle kardorrú denevéreknek, tamarinoknak, fehérarcú szakiknak és a fekete pókmajmoknak. Az Amazonas-régió má részeivel összehasonlítva viszonylag kevés madár él a Rio Negro és mellékfolyói által határolt területeken. Az endemikus fajok között szerepel a hangyamadarak négy fajtája: a Rio Branco, a foltos, a gesztenyetarajos és az Orinoco hangyamadár.
Nemrég 2024-ben Barcelos városának lakói csodálkozva nézték, amint egy úszó sziget halad el a városuk előtt a Rio Negro-n. A legtöbben videókat is készítettek. A kisebb úszó szigetek az Amazonas-esőerdőben gyakori jelenségnek számítanak, amelyeket helyi nevén matupas-nak neveznek. Egyesek szerint tőzeglépnak is minősíthetőek tulajdonságaikat figyelembe véve, de a velük kapcsolatos kutatások egyelőre még nagyon fejletlenek A helyi lakosok abban hisznek, hogy Boiuna, a nagy anakonda időnként elhagyja az ártéri erdőt és néha egész szigeteket cipel a hátán. Ez a kígyó a feltételezések szerint akár kétszáz méter hosszú is lehet. Vizek alján épít magának otthont, azonban amikor a vízszint csökken, előbújik otthonából és közben új mélyedéseket vág a talajba, amelyekből aztán folyók keletkeznek. Mágneses erővel rendelkezik, amely lehetővé teszi a hajók mozgásképtelenné tételét a folyó közepén. Szemei vel bárkit megbabonázhat, de úgy is megölhetnek egy embert, hogy ellopják az árnyékukat. Az árnyék nélküli személy néhány napon belül meghal.
Francisco Orellana spanyol hódító volt az első, aki a Rio Negro körüli lakatlan vidékeket feltérképezte. Titokban El Dorado elveszett városát próbálta megtalálni, ahol a legendák alapján rengeteg arany rejlett. Később Percy Fawcett angol felfedező próbálta megtalálni a Z néven ismert elveszett várost , de ő és csapata nyomtalanul eltűntek. Naplóbejegyzéseiből kiderült, hogy számtalan alkalommal érdeklődött az esőerdőben élő indiánoktól a várossal kapcsolatosan, amely szerintük létezett. Egy magas heggyel körülvett völgyben helyezkedik el, amelyhez kőút vezet. A házak alacsonyak és ablaktalanok, de egy piramis alakú templom a főtéren. Nem messze innen egy második város is található, de annak lakói alacsonyabb rendűek. Az indiánok nagyon féltek mindig az épületekben időnként megjelenő furcsa fényforrástól. A kézirat egy elveszett, ezüsttel teli városról is szól, ahol többszintes épületek és széles utcák voltak, valamint egy tó is amelyen a felfedező két fehér indiánt látott kenuban. Az épület oldalaira olyan betűket véstek, amelyek a görög vagy egy másik korai európai ábécére hasonlítottak.
